Villa dei Misteri (Vila mystérií) leží trošku mimo hlavní areál vykopávek, ale pokud Pompeje navštívíte, neměli byste si ji nechat ujít. Jedná se asi o nejlépe zachovalou vilu ze všech pompejských paláců. Původní stavba pochází ze třetího století před Kristem a je tvořena složitým komplexem místností a dvorů. Své jméno vila získala díky řadě maleb v jedné z rozlehlejších místností, kde jsou zobrazeny zasvěcovací obřady mladých žen do Dionýsových mystérií, nezákonného kultu z počátku císařství. O kultu samotném toho mnoho nevíme, ale malby se dochovaly nádherně srozumitelné a jsou pozoruhodné díky svému jistému provedení a jasnosti barev. Malby očividně tvoří příběh, jehož začátek je na levé straně a pokračuje okolo celé místnosti řadou obrazů orámovaných vlysy, na nichž je zachyceno obětování, mrskání, tanec a další rituály, vše pod vyrovnaným upřeným pohledem paní domu.