Poprvé se Kodaň připomíná roku 1043, kdy zde stála rybářská vesnice jmenovaná jako Havn. V roce 1167 se v listinách uvádí, že na jednom z ostrovů nechal biskup Absalon postavit hrad, který spojil se svým sídelním městem Roskilde dobrou silnicí. Ve 12.–13.stol. se Kodaň rozvíjela jako obchodní středisko. Brzy zde žilo 4000 obyvatel, čímž se stala jedním z největších měst této části země. Vzkvétající obchod byl však trnem v oku známé lübecké hanse, a tak roku 1248 byla proti Kodani zorganizována výprava, která ji těžce poškodila. Po mnoha dalších událostech teprve Erik VII. Pomořanský učinil po válce v roce 1416 z Kodaně rezidenční město. V 17. stol. bylo v Kodani postaveno mnoho barokních budov, které jsou dodnes chloubou dánské architektury. Nová velká stavební vlna proběhla ve městě po roce 1728, kdy byla velká část historického jádra zničena požárem. Podobná pohroma postihla Kodaň i roku 1795. K poslední pohromě města došlo ve II.světové válce, kdy bylo zničeno mnoho historických památek.