Dalším turistickým trhákem ostrova Zakynthos po želvách kareta a pláži Navagio jsou Modré jeskyně. Nachází se na úplném severovýchodním cípu ostrova a modré se nazývají proto, že svítící slunce se odráží od bílého písčitého dna a vytváří v těchto jeskyních půvabný modravý efekt. K jeskyním se můžete nechat dovézt na člunu z vesničky Agios Nikolaos za slušných 7 euro nebo sejít pěšky z mysu Skinari (taky za peníze) a doplavat k nim pár metrů samostatně. Plavání je ovšem vzhledem ke značnému lodnímu provozu poněkud riskantnější, rozhodně ale romantičtější.