Muzeum bylo založeno roku 1818 pod názvem Vlastenecké muzeum v Čechách. Od roku 1848 neslo název České muzeum, v období let 1854–1919 pak Muzeum Království českého. Před postavením nové budovy muzeum sídlilo provizorně ve Šternberském (1821–1846) a Nostickém paláci (1846–1892).