V polovině 19. století čítalo město na 5 000 obyvatel. Byl zde ubytován prapor pěšího vojska, působily zde dvě obecně vzdělávací školy, hudební škola a tzv. pracovní škola, kde se pečovalo o vzdělání dětí, jejichž rodiče zemřeli, anebo se o své děti nestarali. Ve městě fungovaly dva pivovary (knížecí a městský), dvě papírny, tři mlýny, přádelna lnu a továrna na sukno. Rovněž architektonická tvář města zaznamenala v 19. století mnohé změny. Byly zrušeny městské hradby, a až na jednu (Budějovickou), i všechny městské brány. Poblíž zámecké zahrady byly v závěru 19. století otevřeny tuhové doly, provoz zahájila továrna na lišty a rámečky a nový papírenský závod ve Větřní. Již v 19. století jsou zaznamenány občasné národnostní třenice mezi českým a německým obyvatelstvem. Po vyhlášení Československé republiky roku 1918 reagovala německá část obyvatelstva vyhlášením samostatné šumavské župy Böhmerwaldgau, která měla být součástí nového rakouského státu. Toto hnutí bylo vojensky potlačeno a Krumlov byl 28. 11. 1918 obsazen českou brannou mocí. Výnosem ministerstva vnitra z 30. 4. 1920 byl dosavadní název města Krumlov nahrazen názvem Český Krumlov, který byl uváděn již v roce 1439. Za druhé světové války neprobíhaly v Krumlově žádné výrazné boje, nedošlo ani k bombardování. Krumlov byl v roce 1945 osvobozen americkými vojsky a po osvobození došlo k odsunu obyvatelstva německé národnosti. Od poloviny 60. let 20. století je věnována péče o uchování památkové hodnoty města Český Krumlov (r. 1963 vyhlášena městská památková rezervace), které je dnes zařazeno do Seznamu světového kulturního a přírodního dědictví UNESCO (od r. 1992).