Šestnácté století bylo dobou vlády posledních Rožmberků, kteří se nicméně maximální měrou podíleli na vytvoření dnešní tvářnosti města i jeho okolí. Renesanční kavalír Vilém z Rožmberka, nejvýraznější šlechtická osobnost soudobé politiky a kultury, byl především iniciátorem přestaveb městských domů i zámku do renesanční podoby. Dne 14. 8. 1555 spojil Vilém dosud samostatné městské části - Latrán a Staré město - v jeden celek, aby tak zabránil neustálým četným sporům o jednotlivá privilegia. Latrán měl do té doby prakticky postavení samostatné správní jednotky a docházelo k četným sporům mezi jeho obyvateli a obyvateli druhé části města, zejména o právo vaření bílého pšeničného piva, jež bylo v té době velice žádaným, a tudíž i výnosným produktem. Další problémy s sebou přinášelo zejména placení příspěvků na vydržování fary, kostela, mostů, obecního pastýře a posla. Petr Vok z Rožmberka, poslední člen rodu, byl v důsledku svého zadlužení donucen postoupit roku 1601 Krumlov císaři Rudolfovi II. Habsburskému, který sem na krátkou dobu dal umístit svého levobočka dona Julia d'Austria. V lednu 1611 město čelilo náporu pasovských vojsk, za třicetileté války bylo obsazeno císařskými vojsky a roku 1648 došlo ke vpádu Švédů. Třicetiletá válka přinesla městu také novou vrchnost, císař Ferdinand II. Habsburský jej roku 1622 udělil štýrskému rodu Eggenberků za to, že ho v průběhu třicetileté války finančně podporovali. Eggenberkové měli Český Krumlov v držení po tři generace. Až ve své třetí generaci, v osobnosti Jana Kristiána I. z Eggenberku, tento rod výrazněji ovlivnil vzhled města i zámku velkorysou stavební činností a bohatým kulturně společenským děním. Rod Eggenberků vymřel počátkem 18. století a roku 1719 nastupují na Krumlov jejich dědicové - Schwarzenberkové. Za vlády