Je možné, že za husitských válek byl konvent vypálen; uváděn je rok 1423, což však nelze přesně doložit. V dalším průběhu století se hospodářská situace kláštera stabilizovala a na začátku 16. století byl kounický probošt jedním z nejvýznamnějších moravských prelátů. V následujících letech se však kounický konvent dostal do krize. Probošt Martin Göschl přestoupil po roce 1522 na luteránskou víru a oženil se s jednou z jeptišek, a i zbytek komunity do značné míry opustil řádové předpisy. Na nátlak olomouckého biskupa Stanislava Thurza musel Göschl v roce 1526 Dolní Kounice opustit. V Mikulově se stal novokřtěncem, posléze však byl zatčen a v biskupském vězení zemřel. Za jeho nástupce Jana však konvent zcela zanikl. Pustý klášter byl ponechán vlastnímu osudu, jeho panství převzal král a markrabě Ferdinand I. Habsburský. Ten jej zpočátku zastavoval, nakonec roku 1537 prodal kounické panství s konventem místokancléři Českého království Jiřímu Žabkovi z Limberka, který v opraveném klášterním kostele nechal zřídit rodinnou hrobku. Panství ještě několikrát změnilo majitele, od roku 1622 jej drželi Ditrichštejnové. Od nich v roce 1698 zakoupili areál kláštera strahovští premonstráti a pokusili se jej obnovit. Požár v roce 1703 však jejich plány překazil, po opravách obytných budov zde sídlil strahovský administrátor, samotný klášter s kostelem však chátral. Premonstráti jej nakonec v roce 1808 prodali zpět Ditrichštejnům. V roce 1926 vznikl Komitét pro záchranu památek v Dolních Kounicích, který podnítil základní zabezpečovací a restaurátorské práce, v nichž po druhé světové válce pokračovalo Krajské středisko státní památkové péče v Brně. Dnes veřejně přístupný areál kláštera s kostelem vlastní brněnské biskupství, provozovatelem je Městský úřad Dolní Kounice.