Druhá světová válka byla zahájena 1. září 1939, kdy Německo napadlo západní část Polska. Zároveň bylo 17. září 1939 napadeno Polsko Sovětským svazem od východu. Polsko kapitulovalo po šesti týdnech bojů. Západ Polska byl připojen k Německé říši a východ k Sovětskému svazu. Centrální část Polska včetně Varšavy byla pod správou pronacistické vlády. Při invazi v roce 1939 byla Varšava bombardována a bylo zničeno 10 až 15 % budov ve městě. Při okupaci města nacisty byly všechny vyšší vzdělávací instituce okamžitě uzavřeny a varšavská židovská populace – několik set tisíc lidí, asi 30 % obyvatel města – byla nahnána do tzv. Varšavského ghetta. Když se Němci v rámci Hitlerova „konečného řešení“ pokusili ghetto zlikvidovat, došlo k židovskému povstání. Navzdory těžkému ostřelování a přesile se ghetto udrželo bránit skoro měsíc. Po skončení bojů byli ti, co přežili, zmasakrováni. V červenci 1944 sovětská vojska postupovala přes polské území, Němci ustupovali k Varšavě. Stalin nebyl nakloněn myšlence nezávislosti Polska, proto polská londýnská exilová vláda dala rozkaz ilegální polské Zemské armádě („Armia Krajowa“), aby se pokusili získat kontrolu nad městem, než tam dorazí Rusové. Dne 1. srpna 1944, když se Rudá armáda k městu rychle blížila, Zemská armáda a většina populace zahájila Varšavské povstání. Navzdory Stalinovu nepřátelství k Polsku Poláci předpokládali, že jim sovětští vojáci pomohou proti jejich společnému nepříteli. Nicméně, když se Rudá armáda dostala k Varšavě, sovětská ofenzíva byla náhle zastavena a Němci mohli povstání nemilosrdně potlačit. Přestože byla doba povstání plánována na 48 hodin, obránci se udrželi 63 dní. Nakonec muselo hlavní město Polska kapitulovat. Vojáci Zemské armády byli převezeni do zajateckých táborů v Německu, civilní obyvate