Od 11. století sloužila hora i jako pevnost pro vojáky, kteří měli být k dispozici opatství a králi. V době stoleté války se Angličané snažili Mont-Saint-Michel dobýt třikrát, ale vždy neúspěšně. Klášter pak začal postupně upadat a velkou ránu mu zasadila reformace. Během francouzské revoluce bylo opatství zrušeno a z klášterních budov se stalo vězení. To zde vydrželo do roku 1863 a o 11 let později byla hora prohlášena za národní památku. U příležitosti oslav tisíciletého výročí jeho vzniku v roce 1966 bylo opatství symbolicky navráceno benediktinům.